Análisis integral de aspectos genéticos, clínicos y evolutivos de cepas autóctonas y su impacto en el diagnóstico y la epidemiología local y global
Investigador responsable: Dra. Mariana Viegas, Investigadora adjunta CONICET-Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez (HNRG), CABA
Objetivo general
Como objetivo general se propone analizar la trayectoria evolutiva de las cepas del SARS-CoV-2 que circulan en Argentina para estudiar su origen y dispersión en el país, en el contexto de las cepas mundiales, como así también analizar las mutaciones que pudieran afectar el diagnóstico, la transmisión y la virulencia del virus. El presente proyecto propone realizar un muestreo amplio de aproximadamente 800-900 genomas de SARS-CoV2 circulantes en nuestro país, aprovechando al máximo la capacidad instalada distribuida federalmente.
Objetivos particulares
- Realizar la secuenciación del genoma completo de cepas de SARS-CoV2 que circulan en nuestro país a partir de muestras clínicas provenientes de centros de diagnóstico localizados en distintos puntos del país.
- Monitorear los cambios nucleotídicos y aminoacídicos de las cepas secuenciadas, especialmente en las regiones genéticas de importancia en:
- El diagnóstico: análisis de sustituciones nucleotídicas que podrían impactar en la sensibilidad de los métodos de detección de ácidos nucleicos (RT-PCRs u otros en desarrollo) y monitoreo de sustituciones aminoacídicas con posible impacto en métodos de detección de antígenos virales (proteínas S, N u otra) o anticuerpos.
- La respuesta al tratamiento: análisis de sustituciones aminoacídicas en genes que codifican para la polimerasa viral (RdRp), proteasas, exoribonucleasa (o cualquier otro gen blanco de acción de las drogas que se vayan a utilizar).
- La adaptación al hospedador: análisis de sustituciones aminoacídicas en el dominio de unión al receptor (RBD) de la proteína S o en otras regiones genéticas de relevancia.
- Identificar los linajes virales presentes en nuestro país que han ingresado a través de los pacientes con antecedente de viaje a zonas afectadas. También se buscarán otros puntos de ingreso de zonas no reportadas como riesgosas en el alerta inicial sistema de salud pero que lograron establecer clusters locales de transmisión. Mediante análisis filogeográficos discretos podrá estimarse el origen geográfico y temporal más probable de estos linajes y se los podrá relacionar a nivel global con los linajes que circulen en otros países.
- En cuanto a la circulación viral autóctona sostenida proponemos evaluar los factores poblacionales y virales que pudieron asociarse con establecimiento de los clusters locales de transmisión. Entre estos factores pudieran encontrarse mutaciones marcadoras de los virus establecidos en nuestro país.
- Analizar la diseminación viral a través de análisis filogeográficos continuos, analizados por regiones geográficas, a fin de trazar mapas de dispersión viral en el tiempo.
- Realizar estudios de correlación genómico-clínico en pacientes con Covid-19 pediátricos y adultos considerando grados de severidad, presentación clínica, etc.
- Conocer los mecanismos de evolución molecular viral en la población local, para contribuir a la elección futura de posibles vacunas
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